← Назад к инструментам

Оптимизация последовательности ДНК

Удалите сайты рестрикции с учётом частот кодонов выбранного организма

Выберите задачу
1

Настройте оптимизацию

Первый организм
Второй организм необязательно
Режим оптимизации
О методе

Динамический поиск основан на схеме Condon–Thachuk, 2012. Сбалансированный режим — наше расширение с воспроизводимой вариативностью. При ограничениях GC или повторов используется ограниченный поиск без гарантии оптимума

Максимальный режим без ограничений GC и повторов максимизирует CAI по выбранному геномному профилю. Метрика рассчитана по принципу Sharp и Li, 1987; здесь эталон — геномный профиль, а не набор высокоэкспрессируемых генов. При превышении вычислительных лимитов расчёт завершается явной ошибкой

Какие сайты убрать
Для заказа синтеза в КФ сайты BsaI нужно удалить
2

Добавьте последовательности

Не более 30 последовательностей за один расчёт

Шаблон XLSX
Ограничения последовательности и варианты

До 30 000 нт на результат и 300 000 нт на партию. При ограничениях GC или повторов — до 6 000 нт на результат: поиск начинается со 128 кандидатов и при неудаче расширяется до 512 в пределах вычислительного бюджета, без гарантии оптимума. GC проверяется в каждом полном скользящем окне линейной ДНК. Несколько вариантов доступны в сбалансированном режиме

Дополнительные параметры
Нужен другой организм? Отправьте запрос Частоты кодонов: CoCoPUTs, Alexaki et al., 2019 · геномные профили видов