ПОЧЕМУ NANOPORE ПОБЕЖДАЕТ SANGER

Секвенирование по Сэнгеру было золотым стандартом 40 лет. Но для рутинной проверки плазмид оно больше не выгодно ни по деньгам, ни по времени. Посмотрите на факты.

Sanger

Nanopore

Длина без ограничений

Сэнгер читает максимум 800–1000 п.о. Чтобы проверить вставку длиной 5 кб, вам придется делать «праймерную прогулку» (primer walking). Nanopore читает плазмиду целиком за один раз, включая бэкбон.

Математика для вставки 5 кб:

Сэнгер (минимум 8 реакций + праймеры): ~6 000 ₽
Nanopore (плазмида целиком): 3 900 ₽

Sanger

Nanopore

Разрешение контаминаций

Если в вашем образце случайно оказались две разные плазмиды (или димер), Сэнгер выдаст нечитаемую хроматограмму с двойными пиками. Вы просто потеряете образец.

Nanopore не смешивает сигналы. Он прочитает каждую молекулу по отдельности. В результате вы получите два чистых FASTA-файла с обеими плазмидами и их процентное соотношение в пробирке.

Sanger

Nanopore

Чтение сложных структур (ITR, GC-rich)

Метод Сэнгера зависит от ДНК-полимеразы. На участках со сложной вторичной структурой (например, ITR-повторы в векторах для AAV или GC-богатые регионы) полимераза «спотыкается» и слетает с матрицы.

В Nanopore молекула ферментативно расплетается и механически протягивается через пору. Для него практически не существует нечитаемых шпилек или сложных повторов.

Sanger

Nanopore

Независимость от праймеров

Сэнгер не работает без праймеров. Если у вас нестандартный вектор, вам придется сначала заказать кастомные праймеры, ждать их синтеза, а уже потом сдавать на секвенирование.

Nanopore читает ДНК De novo. Нам не нужна никакая предварительная информация — мы просто берем вашу плазмиду и читаем её «как есть».

Разрушаем мифы: Точность и Сборка De novo

Исторически «сырая» точность одиночного прочтения у Нанопора составляла около 95%. Но мы не анализируем одиночные прочтения! В процессе секвенирования мы прочитываем вашу плазмиду сотни раз. Итоговая консенсусная точность достигает 99.99%.

А как же гомополимеры? Часть ошибок связана со сложностью интерпретации прочтений длинных гомополимеров (например, GGGGGGGGGGGGGG), в типичном случае после выравнивания на референсную карту это выглядит как одно- или олигонуклеотидная делеция в гомополимере. Однако при уточняющем секвенировании по Сэнгеру практически всегда подтверждалось, что это не реальная делеция, а артефакт секвенирования.

Преимущество De novo: Методика сборки последовательности путем выравнивания ридов на референс изначально несет в себе риски упустить определенные фрагменты и получить искаженную картину, т.к. представляет собой в определенной степени попытку выдать желаемое за действительное. Сборка de novo, которая не опирается на сиквенс, намного объективнее, т.к. она «беспристрастно фиксирует» фактическую последовательность того, что находится в пробирке. Это позволяет выявлять в том числе и наличие примесных плазмид в препарате.

Пора оценить современный подход к секвенированию.

ОФОРМИТЬ ЗАКАЗ →